Pe piele, in cavitatea bucala si nazala, dar si in vagin se regaseste doar o mica parte a bacteriilor, intre 400 si 1000 de tipuri diferite. Cea mai mare parte se afla in intestine, respectiv in intestinul gros si in cel subtire. Substantele produse de bacterii sunt folosite de celulele intestinale. Flora bacteriana protejeaza organele impotriva altor agenti patogeni si preiau deseori si alte functii.
Flora pielii
Bacteriile de la nivelul pielii ne protejeaza impotriva agentilor patogeni si se hranesc din miliardele de celule moarte de piele, pe care le eliminam zilnic. In plus ajuta la diviziunea grasimilor si a acizilor grasi care previn dezvoltarea bacteriilor, care prefera anumite zone ale pielii, in special cele umede: axile, spatiile dinte degete ofera un climat mai bun de dezvoltare pentru bacterii decat cele uscate. O mare parte a germenilor se afla in foliculii de par unde au conditii optime de dezvoltare, fiind protejati impotriva factorilor externi.
Flora intestinala
Flora intestinala joaca si ea un rol hotarator impotriva germenilor periculosi, insa sarcinile principale sunt altele: acestea regleaza elementele sistemului imunitar aflate in mucoasa intestinala, prin antrenarea permanenta a capacitatii de aparare a organismului si producerea de substante antibiotice. Flora intestinala poate produce vitamine si elemente premergatoare vitaminelor precum vitamina K sau B12, Tiamina sau Riboflavina, care sunt preluate apoi prin mucoasa intestinala. Prin procesele metabolice ale florei intestinale, rezulta substante care sunt folosite de celulele intestinale pentru energie, iar bacteriile ajuta hotarator procesul digestiv din organism si astfel asimilarea hranei.